北交所打新需要资金，而且是必须全额预缴申购资金，这是其与沪深交易所打新最核心的区别之一。
北交所打新全程采用现金全额预缴的机制，投资者在申购日（T日）提交申购委托时，账户内必须准备好与申购数量对应的足额现金，系统会实时冻结这笔资金。与沪深市场需要持仓市值作为申购门槛不同，北交所打新不设任何市值要求，哪怕账户里没有任何股票持仓，只要有可用资金，开通北交所交易权限后即可参与。最小申购单位为100股，且申购数量必须是100股的整数倍，单账户申购上限通常不超过该只新股网上初始发行量的5%。例如一只新股发行价为15元，投资者申购1万股，就需要在账户中准备15万元资金并被冻结，资金不足将直接导致申购无效。
北交所打新的资金占用时间为T日至T+2日。T日申购时资金全额冻结，T+1日中国结算会完成初步配售计算，T+2日正式公布配售结果，未中签的资金会在T+2日当天解冻并可用可取，中签部分的资金则直接划转用于缴款。这种资金冻结模式意味着参与北交所打新需要承担一定的资金成本，尤其对于大额申购的投资者而言，资金在冻结期间无法用于其他投资操作，需要权衡资金使用效率。
北交所打新的配售规则也完全基于资金量，实行“比例配售+碎股二次分配”。当网上有效申购总量大于发行总量时，按投资者申购金额占总申购金额的比例来分配股份，获配数量向下取整至100股的整数倍。而不足100股的碎股部分会被汇总，再按申购金额从高到低排序，金额相同则按申购时间优先的原则，依次为投资者配售100股，直至碎股分配完毕。这一规则使得资金量越大的投资者，获配新股的数量通常越多，资金实力成为决定获配结果的关键因素。
参与北交所打新除了申购时的资金预缴，还需先满足开通权限的基础资金门槛。这一门槛将部分资金量较小的投资者挡在门外，也让北交所打新成为更适合具备一定资金实力的投资者的投资方式。
